Fårö kyrka är troligen från 1324, kanske något tidigare. På kyrkans södra långvägg finns ett s.k. konsekrationskors som vittnar om att den dåtida påven sänt sitt invigningstillstånd till Fårö kyrka. Ursprungligen skall 12 sådana kors ha tecknats på väggarna med signad olja och dessa har senare imålats som bevis på påvens invigning. Endast ett av dessa kors har kunnat bevaras till vår tid.
Fårö kyrka är den enda gotländska kyrka som byggts om så radikalt att den mist hela den ursprungliga medeltida karaktären. Den mest omfattande ombyggnaden gjordes 1858-59 då man byggde till det stora tvärskeppet; "nöia körka" dvs. nya kyrkan, som delen kallas än av fåröborna. Takmålningar från 1761 gick då förlorade och bänkluckornas rokokoornament blev övermålade. Dessa har senare åter tagits fram. Dörrarna flyttades från den ursprungliga södra sidan till sin nuvarande plats i tornet. Man kan se att de har skarvats både på höjden och på bredden. Inne i kyrkan ser man ännu markeringen för de gamla ingångarna på södra långväggen. Den s.k. jungfruporten på norra sidan hade igenmurats tidigare.
Det ursprungliga lägre och smalare tornet torde ha rivits omkring 1770. Under senare delen av 1700-talet gjordes en del andra förändringar, tornet blev högre och fick sin nuvarande spira. Pga. sin likhet med ryska kyrktorn finns en gammal skröna om att det var ryska krigsfångar som tvingats utföra arbetet. Kanske inte alls sant men en lustig folklig berättelse. 1761 tog man upp fönster också på norra långväggen, en fönsterkarm är märkt med detta årtal. Fönstren är det som kanske mest bidrar till att det medeltida utseendet förlorats, det medeltida dunklet, mystikens dunkel, lyses nu upp av sol och ljus. Låsbeslagen och gångjärnen på kyrkporten är också från 1761 och är handsmidda av dåvarande klockaren från Hammars på Fårö.
På en latinsk inskrift i vapenhuset omtalas att Magnus Möller år 1761 prydde kyrkans tak, predikstol och bänkluckor med målningar. Fattigbössan, "Fattig Lazarus" till vänster inne i kyrkan är också målad av honom. Den föreställer den sjuke tiggaren Lasarus, som det berättas om i Lukasevangeliets 16: e kapitel, vers 19-31. Ljuskronan i tornrummet, svarvad i trä, från 1800-talet, är skänkt av träsvarvaren Nordström på Skär.
En renovering utfördes 1967-68. Man behöll då i stort sett kyrkans utseende och gjorde endast nödvändig förbättring. De gamla svarta stora järnkaminerna på ömse sidor vid långväggarna ersattes av elektrisk värme och kronorna som då prydde kaminerna pryder nu grindstolparna ute vid stora västra ingången. Elektrisk belysning insattes men ej i ljuskronorna. Möjlighet till handringning lämnades kvar även när ringningen 1989 elektrifierades. Vi har också bevarat den gamla seden att avsluta varje gudstjänst med handringning, tre gånger tre klämtningar, en s.k. angelusringning, änglaringning. Vid denna restaurering minskades antalet bänkar och ökades bredden på sätena. Kyrkan har nu 350 sittplatser. Målningar på bänkluckor och mellanstycken restaurerades av Erik Olsson i Sanda, likaså altaruppsats och predikstol. Det var vid detta tillfälle man tog fram det lilla konsekrationskors som nyss omtalats.
Altaret är från 1709. Altartavlan av sandsten bär högst upp Karl XI: s namnskiffer, men motivet är Jesus och hans lärjungar vid den sista måltiden. Johannes ligger vid Mästarens bröst och de övriga runt omkring bordet med bägaren och lammet. Tidigare fanns en predikstol och ett altarskåp från 1600-talet. Dessa finns nu i Hallshuks fiskekapell. Helgonbilderna, som hörde till altarskåpet finns på Gotlands Fornsal. Det omtalade kulhålet i den gamla altartavlan tillkom år 1620 och prästen som var utsatt för mordförsöket var Christian Christensen Nestvediensus. Han kom som pastor till Fårö år 1616 vid 22 års ålder och gifte sig med Judit Johansdotter från Lanters. Den söndag då han blev beskjuten av ilskna fåröbor, för att han "skvallrat" för myndigheterna om deras strandröveri, flydde han ur kyrkan, ner till Lanters, där han med sin hustru rodde över sundet med båt. Han hamnade sedan nere i Öja, så långt bort från Fårö som möjligt och där förblev han kyrkoherde under många år fram till sin död.
Dopfunten är från 1300-talet, utförd i kalksten. Ovanför den hänger ett processionskrucifix också från 1300-talet. Dessa är kyrkans äldsta inventarier, samtida med konsekrationskorset.
De mest berömda inventarierna är de två kutatavlorna, från 1618 resp. 1767.
Den stora kutatavlan beskriver en vådlig resa som 15 säljägare råkade ut för vintern 1603. De skulle ut för att jaga säl, "kut" på fårömål, isflaket de var på drev iväg från land med jägarna på, ut till havs. Tre av dem räddade sig iland på Gotska Sandön, de övriga drev vidare ända till Svenska kusten, där de efter 14 dagar kom iland. Som tack för sin räddning lät de måla denna tavla, vilken förutom jägarna med sina fångstdon och iklädda sina söndagskläder också föreställer den äldsta samtida avbildningen av Visborgs slott, Visby. En lång text på danskt fårömål beskriver deras äventyr, den finns återgiven sist i denna lilla skrift. Tavlan är en votivtavla, skänkt i tacksamhet mot Gud för en mirakulös räddning ur verklig livsnöd. Den lilla kutatavlan berättar om två fåröbor, far och son Jöns Langhammar, som var ute på ett liknande äventyr och också ville tacka Gud för sin underbara räddning. Båda dessa tavlor hänger på norra långväggen.
Längst fram, på väggen i södra korsarmen hänger ett 1600-tals epitafium, en minnestavla över en av Fårös präster och hans stora familj. Alla familjemedlemmar är med, även de som redan var döda vid målningens tillkomst. Dessa är markerade med små kors över huvudena. Fyra spädbarn ligger i sin vagga, tre döda och ett levande.
Två votivskepp, skänkta och byggda av f.d. lotsförmannen Edvin Hamstedt tillkom på 1960-talet. I taket hänger en modell av Agnes av Skillinge och i glasmontern står en modell av ett danskt skolskepp.
Orgeln byggdes 1860 av Frans Andersson för Väddö kyrka i Uppland och inköptes av Fårö församling 1875 för 800 kr. Orgelns disposition är följande: pedal: Subbas 16', Bombard 16', Violoncello 8', manual: Borduna 16', Gedackt 8', Principal 8', Gamba 8', Trompet 8', Oktava 4', Fleut 4', Quinta 3', Oktava 2' samt p./man.koppel. Orgeln restauerades 1970 samt 2000-2001.
Den allra senaste renoveringen, som då omfattade såväl inre som yttre renovering, inleddes i september 2000 och avslutades i augusti 2001. Kyrkan vitputsades utvändigt och taket lades om. Tornspiran nedtogs och målades gyllengul, likaså tuppen högst upp, som därifrån vakar över sin församling. Inne i kyrkan framtogs åter den stora solen över altaret och tornspirorna från det himmelska Jerusalem över de nya dörrarna till sakristian. Dessa målningar togs bort på 1950-talet. En takbjälke med fragment av originalmålningen framtogs under renoveringen och dokumenterades innan den åter doldes av det nuvarande taket. En bild av denna bjälke ser du nere vid utgången av kyrkan. Där finns också några tavlor med lokalintresse för vår kyrka och församling, t.ex. en målning av Erik Olsson, föreställande den kände sjörövaren Gottberg från Sandön sittandes i "uppenbar kyrkoplikt" vid Fårö kyrka.